Jodorowsky nasceu no Chile em 1929, filho de imigrantes russos. Ele estudou teatro e mímica em Paris antes de se mudar para o México, onde começou a escrever quadrinhos e dirigir filmes. Em 1968, Jodorowsky lançou El Topo, um filme que combinava elementos do faroeste com surrealismo e misticismo. O filme tornou-se um sucesso de culto e ajudou a lançar a carreira de Jodorowsky como cineasta.
Em 1973, Jodorowsky dirigiu The Holy Mountain, outro filme surrealista que se tornou um clássico cult. O filme foi financiado pelo beatle John Lennon e sua esposa Yoko Ono.
Além de seu trabalho no cinema, Jodorowsky é conhecido por suas histórias em quadrinhos e graphic novels. Ele colaborou com alguns dos principais artistas de quadrinhos do mundo, incluindo Moebius e Milo Manara.
Jodorowsky também é autor de vários livros sobre espiritualidade e tarô. Ele desenvolveu sua própria forma de psicoterapia chamada "Psicomagia", que combina elementos da psicanálise com rituais xamânicos.
Marianne Costa tem trabalhado com Jodorowsky desde 1997. Ela é co-autora do livro "A Via dos Tarôs" com Jodorowsky e ministra workshops sobre Tarô e terapia da árvore genealógica.
Apesar de ter nascido no Chile, Jodorowsky passou grande parte da vida na França. Ele vive em Paris desde os anos 80.